Miksi haluamme tutkia monimuotoisuutta?

Perinnöllinen monimuotoisuus on tärkeää niin koirille kuin muillekin eliöille, sillä sen avulla yksilö sopeutuu ympäristöönsä ja suojautuu taudinaiheuttajia vastaan sekä laji kehittyy elinvoimaisemmaksi. Koirarotujen historiasta johtuen useissa roduissa monimuotoisuus on niukkaa ja se ilmenee erityisesti erilaisina sairauksina ja lisääntymiskyvyn heikkenemisenä.

Collieroduissa monimuotoisuuden tiedetään olevan vähäistä, myös muihin koirarotuihin verrattuna. Aiemmat tutkimukset ovat perustuneet sukutaulutietoihin sekä pieneen määrän DNA-markkereita.
Nykymenetelmillä on kuitenkin mahdollista tutkia koiran perimästä tuhansia markkereita. Collieiden monimuotoisuusprojektin perimmäisenä tarkoituksena on pitää rakkaat rotumme mahdollisimman elinvoimaisina tutkimalla tosiasiallista perinnöllistä vaihtelua nykyisillä DNA-menetelmillä. Projektin tarkoitus on:
1) tunnistaa ne perimän kohdat, joissa vaihtelua esiintyy
2) hyödyntää tunnistettua vaihtelua jalostuskumppanien valinnassa
3) hyödyntää tunnistettua vaihtelua pitkä- ja sileäkarvaisten collieiden risteytyksiä suunniteltaessa
4) hyödyntää tunnistettua vaihtelua mahdollisissa risteytysprojekteissa muihin rotuihin auttamaan valitsemaan ne rodut, joissa perimä on erilaista mutta rotuominaisuudet mahdollisimman samanlaisia

⁠⁠⁠⁠⁠⁠⁠

Testattavaksi kutsuttavat yhdistelmät ja koirat

Projektiin on pyritty valitsemaan pitkä- ja sileäkarvaisia collieita niin, että suomalainen colliekanta olisi katettu mahdollisimman laajasti. Olemme tehneet listan yhdistelmistä, joista jokaisesta toivomme saavamme yhden koiran testattua. Yhdistelmät on valittu 2012-2022 Suomessa rekisteröidyistä pentueista sekä Suomeen rekisteröidyistä tuontikoirista, jotka ovat syntyneet vuonna 2012 tai sen jälkeen.

Yhdistelmät on pyritty valikoimaan mahdollisimman objektiivisesti vanhempien ja isovanhempien yleisyyden perusteella. Yhdistelmät on valikoitu poistamalla niitä seuraavasti:
* Jokaisella isällä/emällä on vain yksi pentue listalla.
* Isovanhemmalla ei olisi omia jälkeläisiä listalla, kuitenkin enintään yksi. Sileäkarvaisten kohdalla on myös pyritty säilyttämään sellaisia yhdistelmiä, joissa jollakin isovanhemmalla on vain yksi toisen polven jälkeläinen listalla.
* Pitkäkarvaisissa isoisällä ei olisi enempää kuin 8 ja isoemällä enempää kuin 3 toisen polven jälkeläistä.

Lisäksi listalta on poistettu koirat, joilla on oma pentue listalla.

Listalla on yhteensä 98 pitkäkarvaista ja 40 sileäkarvaista yhdistelmää. Mukana on myös risteytysyhdistelmiä.

Pyrimme valikoimaan testavaksi koiria, jotka ovat mahdollisia jalostuskoiria. Siksi listalta on poistettu myös koirat, joilla on jalostuskäytön estävä vika tai ominaisuus joko Koiranetissä tai rotujärjestön tietokannassa.

Rotujärjestö tukee näiden valikoituneiden koirien testaamista rahallisesti. Projektibudjetti on kuitenkin rajallinen ja olemmekin erittäin kiitollisia, jos koiran omistaja tai kasvattaja haluaa osallistua testikuluun suuremmalla osuudella.

Kun olemme saaneet tässä ensimmäisessä vaiheessa kutsutut koirat testattua tai tiedon, ettei jostakin yhdistelmästä ole saatavilla koiraa, valikoimme uudestaan yhdistelmiä projektiin ja lähetämme toisen vaiheen kutsut. Jos et ole saanut kutsukirjettä ja mielessäsi on koira, jonka haluaisit tarjota projektiin, ota rohkeasti yhteyttä niin voimme arvioida koiran soveltuvuuden projektiin. Yhdistelmiä valikoidessa emme ole varmasti pystyneet huomioimaan kaikkea ja myös näin suuren aineiston käsittelyssä voi sattua virheitä. Pahoittelemme, jos näin on käynyt.

Missä testaamme?

Monimuotoisuusprojektin testiksi valikoitui Embark, jolla on markkinoiden ylivoimaisesti suurin markkerivalikoima ja jolta on mahdollisuus saada projektin kannalta oleellinen raakadata. Testitulos sisältää kaikki yleisesti testipaneeleilla saatavilla olevat tunnetut sairauksiin ja ominaisuuksiin yhdistetyt geenimuunnokset. Collieille oleelliset testitulokset ovat lääkeaineyliherkkyys (MDR1), degeneratiivisen myelopatian riski (DM), collie eye anomaly (CEA), tulehduksellinen keuhkosairaus (IPD), merle-väritys (M) sekä karvanlaatu (pitkäkarvatekijä). Embarkin asiakassivustolla on myös mahdollisuus verrata oman koiran sukulaisuutta muihin Embarkissa testattujen koirien sukulaisuuteen ja näin ollen hyödyntää tulosta jalostuskumppania suunnitellessa.

Suomessa on paljon MyDogDNA-testattuja collieita, mutta valitettavasti heiltä emme saa raakadataa, joka on monimuotoisuusprojektin kannalta välttämätön. Otamme kuitenkin mielellämme MyDogDNA-tuloksia tallennettavaksi rotujärjestön tietokantaan. Voit esimerkiksi lähettää testituloksen pdf-tiedostona sähköpostitse osoitteeseen scy.database@gmail.com.

Olemme neuvotelleet testille alennetun hinnan 109 USD (noin 102 euroa nykyisen valuuttakurssin mukaan). Alennetun hinnan takaamiseksi tulee testi tilata yhdistyksen ohjeen mukaisesti. Alennetun hinnan voi hyödyntää mille tahansa rekisteröidylle collielle, vaikka se ei olisikaan valikoitunut projektiin. Otamme mielellämme vastaan raakadatan kaikista Embark-testatuista, rekisteröidyistä collieista sekä tallennamme testitulokset rotujärjestön tietokantaan. Asiakassivustolta voi jakaa raakadatan yhdistykselle helposti yhdellä klikkauksella. Muut testin tulokset voit lähettää esimerkiksi pdf-tiedostona.

Käythän myös tarkistamassa oman koirasi tiedot rotujärjestön tietokannasta https://scy.pedigreedatabaseonline.com/fi/ ja lähetä mahdolliset puuttuvat tiedot sähköpostitse osoitteeseen scy.database@gmail.com ! Geenitestitulokset voi lähettää esimerkiksi pdf-tiedostona tai välittämällä testituloksen sisältävän sähköpostin tähän osoitteeseen.

Usein kysytyt kysymykset

Koirani sai kutsun projektiin, mitä nyt?
Vastaa viestiin, että olet kiinnostunut ja koira on saatavilla.
Jos koira ei ole saatavilla, otamme tiedon mielellämme vastaan.
Voit samalla ilmoittaa terveystiedoista, jotka haluat lisättävän SCY:n tietokantaan.
Käytännön järjestelyistä tiedotamme myöhemmin - testi tulee ehdottomasti tilata yhdistyksen ohjeen mukaisesti!
Koirani ei saanut kutsua projektiin, mutta haluaisin osallistua. Miten pääsen mukaan?
Voit ottaa yhteyttä ja kertoa kiinnostuksestasi ja mikä koira on kyseessä (virallinen nimi ja rekisterinumero) sekä jalostuksen kannalta merkittävät terveystiedot, jotka voimme myös lisätä SCY:n tietokantaan.
Vastaamme, sopiiko koira projektiin tai kysymmekö koiraa mukaan mahdollisesti seuraavassa vaiheessa.
Sain listan kasvateistani, joita halutaan projektiin. Miten toimin?
Valitse kustakin yhdistelmästä sopivin koira ja lähetä koirien tiedot. Kerro samalla terveystiedot, jotka voimme myös lisätä yhdistyksen tietokantaan.
Jos jostakin yhdistelmästä ei ole koiraa saatavilla, otamme tiedon mielellämme vastaan
Jos mielessäsi on jokin muu yhdistelmä, josta haluaisit tarjota koiraa projektiin, ota yhteyttä, niin arvioimme sopiiko yhdistelmä projektiin.
Miksi projektiin kysytään pentuetta, joka on jo iäkäs eikä siitä ole jatkoa? Yhdistelmiä pyrittiin saamaan mukaan mahdollisimman kattavasti ja siksi otettiin mukaan vuonna 2012 ja sen jälkeen rekisteröidyt pentueet sekä tuontikoirat, jotka ovat syntyneet 1.1.2012 jälkeen. Erityisesti urosten on mahdollista lisääntyä vielä vanhemmalla iällä. Lisäksi ei ole varmuutta, onko jollakin koiralla jälkeläisiä esimerkiksi toisessa maassa. Lähtötiianteessa oli tuhansia pentueita ja satoja tuontikoiria. Koska mitään varsinaista työkalua yhdistelmien valintaan ei ollut, oli täysin mahdotonta käydä yhdistelmiä läpi yksitellen. Tästä syystä olemme pyytäneet ilmoittamaan, mikäli jostakin yhdistelmästä ei ole koiraa testattavaksi ja myös ehdottamaan koiria projektiin. Valinta ei ole lopullinen, vaan uusia mietitään sitä mukaa kun tietoa projektin osallistuvista tai osallistumattomista yhdistelmistä saadaan.
Koirani on jo geenitestattu, miksi se pitäisi testata uudestaan? Laajat testipaneelit kuten MyDogDNA ja Embark-testi kattavat yli 300 sairauksiin liitettyä geenivirhettä, collieilla näistä esiintyy muutama (CEA, MDR1, DM, IPD), sekä ominaisuuksia, joihin vaikuttava geeni tunnetaan (esimerkiksi merle- ja soopeliväritys sekä pitkäkarvatekijä). Monimuotoisuusprojektissa kuitenkin tarkastellaan perimää koko sen laajuudelta, ei vain muutaman tunnetun geenivirheen osalta. MyDogDNA-testistä monelle on tuttu monimuotoisuutta kuvaava heterotsygotia-aste. Kuitenkaan kahden koiran heterotsygotia-asteet eivät kerro mitään niiden keskinäisestä vaihtelusta - jos heterotsygotia on täysin samoissa perimän kohdissa, näiden kahden koiran jälkeläisissä monimuotoisuus pienenee, koska osa heterotsygotiasta muuttuu homotsygotiaksi. Siksi tarvitaan niin kutsuttu raakadata, jota ei valitettavasti saatu MyDogDNA-testistä neuvotteluistamme huolimatta. Testiksi valittiin Embark, koska sillä on laajin markkerivalikoima ja jota on mahdollisuus hyödyntää tulevaisuudessa myös sairausgeenien kartoituksessa. Lisäksi Embarkin sivuilla on kasvattajille työkalu, jonka avulla voi verrata kahden testatun koiran välistä sukulaisuutta DNA-tasolla. Laajalla testauksella on tarkoitus selvittää suomalaisten colliepopulaatioiden käytettävissä oleva perinnöllinen vaihtelu ja siksi on haluamme testata myös sellaisia koiria, joista on jo tehty muita geenitestejä.

Heräsikö kysymyksiä tai kommentoitavaa? Ota yhteyttä scy.monimuotoisuus@gmail.com !

Mitä on tehty?

1.2.-30.4.2023 Pienkeräys projektin kulujen rahoittamiseksi
vko 23 / 2023 Ensimmäisen otannan kutsut lähteneet liikkeelle
vko 24 / 2023 Tilattu ensimmäinen erä testejä
vko 24 / 2023 Toinen otanta kutsuja lähetetty
vko 26 / 2023 lähetetty ensimmäisessä otannassa olleille muistutus
vko 26 / 2023 Kolmas otanta kutsuja lähetetty
vko 27 ensimmäinen erä testejä saapunut Suomeen!
vko 28 neljäs otanta kutsuja lähetetty
vko 29 käytännön ohjeita alettu lähettää osallistujille, x otanta kutsuja lähetetty, ensimmäiset testikitit toimitettu osallistujille
vko 30 ensimmäiset näytteet kerätty

Tässä vaiheessa on lähetetty 109 viestiä, saatu 49 vastausta.
* päivistys 10.7.. Lähetetty 141 viestiä.
* päivitys 27.7. kutsuttu tutkimukseen 370 pentuetta, ei-saatavilla 95, ei vastausta 130 osalta.

Briefly in English

Genetic diversity in Finnish Collie populations

The Finnish Collie Association has initiated a project on genetic diversity of Rough and Smooth Collies. The aim is to utilize the Embark research-grade genotyping SNP data to reveal the amount of genetic diversity at the DNA level. We have selected breeding combinations from Finnish Rough and Smooth Collie populations to cover the available heterogeneity of these breeds as fully as possible. The specific aims are:

* to reveal the genomic loci where diversity exists

* utilize the identified diversity in breeding combinations

* utilize the identified diversity in Rough x Smooth crosses

* in future, utilize the identified diversity in selections of other breeds in putative crosses

At the moment we are concentrating in the Finnish Collie populations. In future, we aim to expand the testing to cover nearby countries from which Collies are imported to Finland, and later to study the diversity globally.

The Finnish Collie Association supports testing of one dog from each selected breeding combination. To be eligible for monetary compensation, this dog should be a potential breeding animal. Testing through The Finnish Collie Association but without the monetary support is available for any Collie with a pedigree recognized by FCI or AKC.

Embark test also includes genetic testing for Collie Eye Anomaly (CEA), Degenerative Myelopathy (DM), Inflammatory Pulmonary Disease (IPD), Multi-Drug Resistance 1 (MDR1), merle colour (M*) and rough factor. These results will be inserted in the Pedigree Database of The Finnish Collie Association https://scy.pedigreedatabaseonline.com/fi/

⁠⁠⁠⁠⁠⁠⁠Inquiries: scy.monimuotoisuus@gmail.com

Monimuotoisuus -projekti